| 資料名 | 作者 | 作製地 | Catal.# | 分類 | 作時代 | 備考 |
| ジョアン三世国王宛書簡 | 聖フランシスコ・ザビエル | アンボイノ | IV-A 1 | 古文書-書状 | * | 1546.5.16 天文15 |
| イグナチオ・ロヨラ書簡 | 聖イグナチオ・ロヨラ | ベニス | IV-A 2 | 古文書-書状 | * | 36.11.1 |
| フランシスコ・ボルジアのポルトガル女王宛書簡 | 聖フランシスコ・ボルジア | * | IV-A 3 | 古文書-書状 | * | s. XVI |
| マストリジ神父書簡 | マストリジ神父 | イロ・イロ (フィリピン) | IV-A 4 | 古文書-書状 | マルチェナ集 | l637.2.17 寛永14 |
| カッサノバ神父宛書簡 | サン・ビトレス神父 | ロタ (サイパン) | IV-A 5 | 古文書-書状 | マルチェナ集 | 寛文9年11月6日 |
| 将軍家光の書状（細川丹後守宛） | 徳川家綱 | * | IV-A 6 | 古文書-書状 | * | 慶安3年ー延宝8年 |
| 細川越中守の書状 | 細川越中守 | 熊本 | IV-A 7 | 古文書-書状 | * | 延宝8年9月28日 |
| 細川忠利の書状 | 細川忠利 | 熊本 | IV-A 8 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 将軍家光の書状 | 徳川家光 | 江戸 | IV-A 9 | 古文書-書状 | * | 寛永7年ー慶安3年 |
| 細川忠興の書状 | 細川忠興 | 江戸 | IV-A10 | 古文書-書状 | 掛け軸 | 初期 江戸 |
| 細川大和守への書状 (1) | * | * | IV-A11 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 細川大和守への書状 (2) | * | * | IV-A12 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 細川大和守への書状 (3) | * | * | IV-A13 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 細川大和守への書状 (4) | * | * | IV-A14 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 細川大和守への書状 (5) | * | * | IV-A15 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 細川大和守への書状 (6) | * | * | IV-A16 | 古文書-書状 | * | 江戸 |
| 福者中浦ジュリアンの手紙 | 福者中浦ジュリアン | 口之津 | IV-A17 | 古文書-書状 | ジュリアンの手によりポルトガル語で | 元和7年8月6日 |
| 御役所附家内宗旨改帳 | 長崎 | * | IV-B 1 | 古文書-証明書 | * | 慶応 2 |
| 宗門御改人別帳 | 吉祥（上総国） | * | IV-B 2 | 古文書-証明書 | * | 嘉永元年 |
| 吉切支丹邪宗残当処刑制札 | * | * | IV-B 3 | 古文書-証明書 | * | 文禄元年 (1592) |
| 天台 宗門改帳 | 上大屋村（上野国） | * | IV-B 4 | 古文書-証明書 | * | 慶応 4 |
| 宗旨御改寺請状 | 下毛郡中津桜町 | * | IV-B 5 | 古文書-証明書 | * | 明治 2(1869) |
| 宗旨御改八人 組 | 下毛郡中津古？町 | * | IV-B 6 | 古文書-証明書 | * | 安政 8(1862) |
| 宗旨御改 五人組 | 下毛郡中津塩町 | * | IV-B 7 | 古文書-証明書 | * | 安政 4(1858) |
| 宗旨御改 五人組 | 下毛郡中津角木町 | * | IV-B 8 | 古文書-証明書 | * | 慶応 3 |
| 宗旨御改寺請状 | 下毛郡中津豊後町 | * | IV-B 9 | 古文書-証明書 | * | 明治 2(1870) |
| 宗門人別帳 | 武川多摩郡（東京） | * | IV-B10 | 古文書-証明書 | * | 慶応 4(1869) |
| 大村五人組帳 | 大村 | * | IV-B11 | 古文書-証明書 | * | 明暦 4(1659) |
| 転切支丹類族取扱心得 | 佐々木 義信 | * | IV-B12 | 古文書-証明書 | * | * |
| 御高札写帳 | 東京 | * | IV-B13 | 古文書-証明書 | * | 宝暦4 |
| 宗旨人別 五人組御改帳 | 谷野村 | * | IV-B14 | 古文書-証明書 | * | 弘化 3 |
| 坤與外紀七奇図説 | 極西南懐仁敦伯 | * | IV-B15 | 古文書-証明書 | * | 享和2年 |
| 御法度書写 | 東京 | * | IV-B16 | 古文書-証明書 | * | 享和 4 |
| 長崎日記 | 長崎 | * | IV-B17 | 古文書-証明書 | * | 宝暦 13 |
| 浦上切支丹一件 他 | 長崎 | * | IV-B18 | 古文書-証明書 | * | 明治 5(1872) |
| 浦上切支丹一件太政官布達 | 長崎 | * | IV-B19 | 古文書-証明書 | * | 明治 2(1869) |
| 長崎寺々影踏印形帳 | 高木清左衛門（代官）長峠 | 長崎 | IV-B20 | 古文書-証明書 | (11点) | 寛政 3 |
| 宗門改帳 | * | 大阪? | IV-B21 | 古文書-証明書 | * | 明和 4 |
| 宗門改帳 | * | 大阪? | IV-B22 | 古文書-証明書 | * | 寛保 1 |
| 影踏旋行日割の廻状 | * | 島原 | IV-B23 | 古文書-証明書 | * | 慶応 1 |
| 島原町奉行の廻状 | * | 島原 | IV-B24 | 古文書-証明書 | * | 慶応 3 |
| 影踏一件 | * | * | IV-B25 | 古文書-証明書 | 掛け軸 | * |
| 五人組 | * | 大村 | IV-B26 | 古文書-証明書 | 古い襖よりの巻物 | 明暦 4年 |
| 殉教者名簿 | 守山甚三郎 | 津和野 | IV-C 1 | 古文書-記録 | * | 明治37 (1904) |
| 旅の覚え書 | 守山甚三郎 | 長崎 | IV-C 2 | 古文書-記録 | * | 昭和 |
| 南蠻国 宗門切支丹傳来記 | * | * | IV-C 3 | 古文書-記録 | * | 寛政 9 |
| 気支丹興廃記 | * | * | IV-C 4 | 古文書-記録 | * | * |
| 八丈島 | * | * | IV-C 5 | 古文書-記録 | * | 天保 3(1833) |
| 鍋島藩史料光茂公代「葉隠聞書」５・６巻 | 栗原 荒野 | 肥前 | IV-C 6 | 古文書-記録 | * | 江戸 |
| 寛永島原騒動記聞書 | 岡山 | 岡山 | IV-C 7 | 古文書-記録 | 岡山版 | * |
| 島原切支丹一撥始末記 | * | * | IV-C 8 | 古文書-記録 | 写本 | 延宝1年ー天和1年 |
| 出島日記 1840-1843 | A. J. Wolff | * | IV-C 9 | 古文書-記録 | 写本 | 写本1890 |
| 切支丹宗門書 | * | * | IV-C10 | 古文書-記録 | * | * |
| 長崎記①②③④ | 長崎 | * | IV-C11 | 古文書-記録 | * | 安政 2 (1855) |
| イエズス会三殉教者の遺骨証明書 | モレホン神父 | マカオ | IV-D1 | 古文書-その他 | * | 寛永7年8月29日 |
| 聖骨証明書 枢機教証印付き | G. キロガ枢機教 | マドリード | IV-D2 | 古文書-その他 | マルチェナ 集 | * |
| 聖人名小冊子（ 漢字・ラテン語対照） | マカオ | * | IV-D3 | 古文書-その他 | マルチェナ 集 中国紙 | s. XVII |
| 在清宣教師の贈品目録 | イエズス会宣教師 | 中国 | IV-D4 | 古文書-その他 | * | 貞享2年(1685) |
| 細川家系図 | 熊本 | * | IV-D5 | 古文書-その他 | * | 文化 7(1811) |